اگر به هر دلیلی پزشک صلاح ندانست که برای بیمار فوت شده گواهی فوت صادر نماید (مثلاً مرگ با علت نامشخص در یک فرد جوان در منزل)، در این حالت پزشک موظف است تا متوفی را جهت بررسی های دقیقتر و تعیین علت فوت به پزشکی قانونی ارجاع نماید در این حالت لازم است ضمن تکمیل فرم مخصوص "ارجاع جسد به پزشکی قانونی" توسط پزشک، همراهان متوفی جهت اخذ دستور مقام قضایی به نزدیکترین کلانتری محل فوت متوفی ارجاع شوند که مسئولین قضایی مربوطه دستور کتبی ارجاع جسد به پزشکی قانونی را صادر خواهند نمود و بر اساس این دستور مقام قضایی، جسد به پزشکی قانونی ارسال می گردد پس به طور کلی :
1. اگر مرگ غیر طبیعی بیمار در مرکز درمانی رخ داده باشد فرم مذکور به همراه نامه ای که از طرف ریاست یا مدیریت مرکز درمانی تهیه شده است به به نزدیکترین مرجع انتظامی(کلانتری) فرستاده می شود و کلانتری از مرجع قضایی (قاضی ویژه قتل یا قاضی کشیک) دستور قضایی مبنی بر ارسال جسد به پزشکی قانونی را اخذ می نماید و طی نامه ای خطاب به پزشکی قانونی این دستور را اعلام و اصل این نامه را به همراه رونوشتی از آن برای مرکز درمانی ارسال می دارد مرکز درمانی پس از اخذ نامه کلانتری خطاب به پزشکی قانونی ، موضوع را طی تماس تلفنی به اطلاع سازمان پزشکی قانونی رسانیده و متعاقب آن سازمان پزشکی قانونی با ارسال آمبولانس ، جسد را به همراه اصل نامه کلانتری و فرم ارجاع جسد تحویل خواهد گرفت
به منظور تسریع کار معمولاً بردن نامه از مرکز درمانی به کلانتری و بلعکس توسط بستگان متوفی انجام می گیرد مگر آنکه متوفی مجهول الهویه و یا فاقد همراه باشد که این امر توسط نماینده بیمارستان صورت خواهد گرفت. معمولاً تمامی مراحل یاد شده در طی یکی دو ساعت انجام خواهد شد
2.اگر مرگ در منزل اتفاق بیفتد و به هر دلیل قانونی صدور گواهی فوت توسط پزشک مقدور نباشد موضوع باید به اطلاع نیروی انتظامی (نزدیکترین کلانتری) رسانیده شود تا مراحل تحقیقات ، اخذ دستور مقام قضایی و ارسال جسد به پزشکی قانونی انجام گیرد